El CENSA brinda servicio de incineración y disposición de desecho. El crematorio a disposición, posee un quemador de diésel, que garantiza una temperatura superior a los 1000 grados. En él se tratan por incineración desechos o basuras industriales, hospitalarias y de laboratorios (Materiales autoclaveados contenidos en bolsas), desechos sólidos urbanos, animales, restos de camas de animales, entre otros.
Este proceso se realiza cumpliendo con los procedimientos internos y el Reglamento de Bioseguridad del CENSA, y bajo medidas establecidas que permitan la protección de la salud del hombre, los animales y el medio ambiente.